Разное

Соматический статус это: Соматический статус

Содержание

Соматический статус

Телосложение, питание, кожные покровы и слизистые (обратить внимание на наружные повреждения). Лимфатическая система. Костно-мышечная система. Дыхательная система: перкуторный звук, хрипы. Печень, селезенка, стул. Кровеносная система: границы относительной сердечной тупости; тоны, пульс, кровяное давление. Мочеполовая система: мочеиспускание, мензис, либидо.

НЕВРОЛОГИЧЕСКИЙ СТАТУС. ОБЩЕМОЗГОВЫЕ СИМПТОМЫ

Головные боли, рвота, ригидность затылочных мышц, симптомы Кернига.

Черепно-мозговая иннервация

I пара – обоняние.

II-III-IV пара – ширина глазных щелей, движение глазных яблок, нистагм, зрачки: величина, форма, реакция на свет, акт конвергенции, аккомодация, реакция зрачков при этом.

V пара – корнеальные рефлексы, чувствительность на лице.

VII пара – асимметрия лица, расположение носогубных складок, угол рта, асимметрия мимических лобных складок.

VIII пара – слух, вестибулярные расстройства.

IX, X пара – язычок, тремор, расположение.

Двигательная сфера: параличи, парезы, атрофия мышц, сила мышц.

Чувствительная сфера: расстройство поверхностных видов чувствительности (болевой, температурной, тактильной) и глубокой (суставно-мышечное чувство).

Рефлекторная сфера: рефлексы рук, коленные, ахилловые, их сила и равномерность.

Брюшные, подошвенные рефлексы. Пирамидные знаки: клонусы коленных чашечек, стоп.

Симптомы Бабинского, Оппенгейма, Жуковского, Гордрна, Штрюмпеля, Бехтерева.

Вегетативная сфера: потливость, проба Ашнера, дермографизм.

Характер сна: сновидения, продолжительность сна.

Психическое состояние

Описывается описательно, образно (портретно), исходя из изучения состояния больным объективной реальности без замены описания переживания или поведения больного психопатологической терминологией. Внешний вид больного (мимика, выражение лица, поза, жесты, движения). Особенности общения с больными (контакт формальный, продуктивный). Состояние сознания – оглушенность, онейроидное, делириозное, аментивное, сумеречное. Ориентировка больного в личности, в месте, времени, окружающей обстановке. Быстрота восприятия. Иллюзорные, галлюцинаторные и сенсорные расстройства: зрительные, слуховые, обонятельные, вкусовые, соматические, тактильные явления деперсонализации, псевдогаллюцинации. Содержание обменов восприятия. Их множественность и постоянство, время возникновения (при засыпании, при возбуждении, вечером, ночью). Объективные признаки галлюцинаций. Воспроизведение событий давно прошедшего, общественной и личной (годы окончания последней войны, даты других общественных событий, даты поступления в школу, женитьба, замужества). Воспроизведение имеющихся школьных знаний, недавних событий, запоминание трехзначных чисел, пробелы воспоминаний, период времени, охватывающий этот пробел и воспроизведение событий последних до этого пробела и первых после него.
Обманы памяти и их содержание. Соответствие интеллекта среде и полеченному образованию. Способность пользоваться понятным мышлением, способность к абстракции, обобщению (выделение абстрактного смысла пословиц, задачи на обобщение, различие и т.д.). Темп ассоциации (ускорение, замедление явления разорванности, бессвязности, эхолалии, резорнерства, мантизма и т.д. (примеры речи больного). Бред и отдельные бредовые идеи; структура и содержание бреда.

Навязчивые состояния: мысли, страхи, действия.

Сверхценные идеи, состояние критики.

Особенности эмоциональной жизни. Соответствие эмоций восприятию, мышлению и действию. Снижение эмоциональной возбудимости, эмоциональная тупость, гиперестезия чувств, неустойчивость чувств.

Повышенная аффективность, сила аффекта.

Настроение: повышенное, подавленное. Выражение настроения в мимике и пантомиме. Преобладание высших и низших эмоций. Маниакальное состояние. Депрессивное состояние. Эйфория.

Раздражительность. Дисфория. Волевые действия. Способность к выполнению приятного решения. Повышенная внушаемость. Ослабление воли. Нерешительность. Абулия и ее проявление в виде отсутствия целенаправленной активности. Мутизм. Негативизм. Застывание в позах. Различные позы двигательного возбуждения. Извращение влечений. Преображение активного или пассивного внимания. Объем, переключаемость, устойчивость внимания (вычитание от 100 по 7, чтение вслух выдержек из печатного текста, письмо под диктовку врача). Поведение в отделении. Планы и установка больного на будущее.

Студенты Тюменского ГМУ изучают соматический и психологический статус людей, занимающихся зимним плаванием

07.04.2022

Студенты Тюменского ГМУ изучают соматический и психологический статус людей, занимающихся зимним плаванием

В Тюменском ГМУ озвучили первые результаты научно-исследовательской работы по оценке состояния физического, физиологического и психологического здоровья спортсменов, занимающихся зимним плаванием.

– В рамках деятельности управления инновационных образовательных форматов и программ по развитию проектного обучения в Тюменском ГМУ обучающиеся имеют возможность участвовать в проектах внешних партнёров университета. Это создаёт условия для развития исследовательских компетенций и навыков проектной деятельности у студентов, способствует формированию эффективных научных коллабораций, — сообщила кандидат медицинских наук, начальник управления инновационных образовательных форматов и программ

 Дилара Наилевна Исакова.

Студенты Тюменского ГМУ принимают участие в научно-исследовательских проектах Тюменского научного центра СО РАН под руководством кандидата биологических наук, старшего научного сотрудника Татьяны Александровны Фишер. Куратором научного направления от университета является доктор медицинских наук, доцент, заведующая кафедрой биологии Тюменского ГМУ Светлана Владимировна Соловьева. Наставник проектной деятельности студентов – кандидат медицинских наук, ведущий специалист управления инновационных образовательных форматов и программ

 Мария Витальевна Ляпина.В составе научной группы молодые учёные приняли участие в исследовании спортсменов на международном чемпионате по зимнему плаванию «Карелия-2022» в г. Петрозаводске. Отметим, что зимнее плавание в 2021 году было признано Министерством спорта РФ новым видом спорта. По решению комиссии выступление на спортивных соревнованиях по зимнему плаванию было принято с 18 лет, тогда как в ряде других стран зимнее плавание успешно развивается с 10-12 лет.

В направлении «Холод и человек» тему «Устойчивость к холоду – способ повышения индивидуальных адаптационных возможностей человека» исследовала студентка лечебного факультета Анастасия Нистратова. В рамках проекта она обследовала 27 спортсменов из Владивостока, Тюмени, Красноярска, Санкт-Петербурга, Перми, Москвы, Хабаровска, Мурманска, Смоленска, Новомичуринска, Петрозаводска и Благовещенска.

 

– В группе как мужчин, так и женщин, занимающихся зимним плаванием, мы зафиксировали хронические заболевания в стадии ремиссии. Превалирующая часть спортсменов предпочитает короткие дистанции, наиболее распространенный стиль плавания – вольный. В меньшей степени женщины участвуют в заплывах на 100 и 200 м. По мере увеличения возраста у мужчин заметна тенденция к относительному выравниванию количества обычных и холодовых тренировок, у женщин наблюдается стабильное преобладание тренировок в стационарном бассейне

, – сообщила Анастасия Нистратова.

В рамках проекта «Дети-моржи – новый социальный феномен: описание особенностей клинико-соматического статуса детей» с целью изучения влияния спортивного зимнего плавания на физиологическое и психологическое здоровье детей в составе научной группы ведёт исследования студент педиатрического факультета Тюменского ГМУ Кирилл Кукин. В исследовании приняли участие 23 ребенка (спортсмены-пловцы международного чемпионата по зимнему плаванию «Карелия-2022») из 14 регионов России.

–Наше исследование не завершено, но уже можно говорить о предварительных результатах. В частности, установлено, что у детей, участвующих в соревнованиях по зимнему плаванию, имеются заболевания, которые не мешают им заниматься этим видом спорта. Все дети-участники соревнования занимаются плаванием в спортивных секциях в течение нескольких лет. Мы выяснили, что дети 11-13 лет занимаются зимним плаванием в системе тренировочного процесса в неделю чаще, чем дети в других возрастных категориях. Именно это способствует развитию холодовой устойчивости детского организма с более ранних лет
, – рассказал Кирилл Кукин.

  

Помощь — Часто задаваемые вопросы

Как рассчитываются частоты мутаций, показанные в COSMIC?

Частота мутаций гена или ткани на веб-страницах COSMIC представляет собой простое деление количества образцов с наблюдаемыми мутациями на количество исследованных образцов из наших подборок. Есть два разных контекста для этих данных: между опубликованной литературой и данными Консорциума генома рака. Данные Консорциума генома рака можно считать полностью объективными, поскольку каждый ген был полностью секвенирован в каждом образце. Однако для генов с полной литературой («классические» гены) частоты в % будут отражать образцы и мутации по мере их публикации. Поскольку труднее публиковать исследования, в которых не обнаружено мутаций, вероятно, эти частоты менее точны, просто представляют собой наилучшие современные знания.

Что делать, если мне нужно использовать старые версии COSMIC для ссылок?

Наши некоммерческие условия изменились 21 ноября. Следующее заявление было удалено: «Если мне сейчас нужна лицензия на использование данных COSMIC, вместо лицензирования я могу использовать/продолжать использовать старую неподдерживаемую версию COSMIC». Это означает, что вам не разрешено использовать старые и неподдерживаемые версии COSMIC.

К сожалению, у нас нет возможности поддерживать старые версии COSMIC. COSMIC разработан как «живой инструмент», который постоянно развивается в соответствии с последними исследованиями и информацией.

Также важно отметить, что старые версии COSMIC не обновляются. В результате многие ссылки не работают, а данные неточны.

Почему я больше не вижу данные SNP?

Июнь 2014 г. (v69) мы представили стратегию «снижения шума» для скрининга всего генома, которая включала фильтрацию SNP. Варианты, обнаруженные в полногеномных скринингах, были сопоставлены с внутренней панелью SNP, определенной в рамках проекта 1000 Genomes, и нормальными (не раковыми) образцами, секвенированными в Sanger.

Хотя варианты, помеченные как SNP, были исключены с веб-сайта, они по-прежнему включались в загрузку мутаций, но с отображаемым флагом SNP (y/n). Эта стратегия применялась до 2020 года, но начала меняться в результате отзывов пользователей. Были подняты три основных вопроса:

  1. Пользовательская фильтрация предпочтительнее, чем исключение данных
  2. Предпочтительно, чтобы веб-сайт и загружаемые наборы данных были одинаковыми
  3. панель стала очень тяжелой

В августе 2020 г. (v92) мы рассмотрели пункты 1 и 2, включив на веб-сайт все мутации, в том числе помеченные как SNP. В версии 95 мы частично устраним пункт 3, удалив флаг SNP из загрузок мутаций и веб-сайта. В v97 мы предоставили некоммерческий доступ к полному набору данных переписи мутаций рака (CMC), который включает частоты аллелей gnomAD и ExAC и другие показатели для прогнозирования значимости мутаций. См. раздел CMC на странице «Загрузки».

Почему я больше не вижу результаты FATHMM?

Наша первоначальная стратегия определения значимости мутаций была основана на фильтрации SNP и включении прогнозов FATHMM. Эти методы теперь заменены Переписью раковых мутаций (CMC). Этот ресурс, выпущенный в версии 92, представляет собой лучший на данный момент подход к выявлению наиболее значимых вариантов, вызывающих различные типы рака.

CMC объединяет все кодирующие соматические мутации, собранные COSMIC, с биологической и биохимической информацией из нескольких источников, объединяя данные, полученные в результате ручной обработки и компьютерного анализа. В этот ресурс интегрированы такие показатели, как значимость ClinVar, отношения dN/dS и частота вариантов в нормальных популяциях (gnomAD). Они использовались вместе с данными COSMIC о распространенности мутаций в 1500 формах рака человека. Это помогает предсказать кандидатов на драйверные мутации в кодирующей части генома.

Почему мутации промотора TERT не отображаются под геном TERT или конкретными страницами образцов?

Система аннотаций версии 90 была значительно обновлена. Это позволило нам стандартизировать аннотации и сопоставить мутации с более свежим и определенным набором транскриптов (Gencode basic, Ensembl, выпуск 93). Аннотации мутаций теперь стандартизированы с использованием Ensembl VEP с использованием последних правил HGVS.

Мутации промотора TERT из скрининга всего генома всегда курировались в COSMIC с использованием только геномных аннотаций (т.е. без синтаксиса), поскольку это стандартная аннотация для некодирующих мутаций, обработанных скринингом всего генома. Однако одно непреднамеренное последствие обновления в v90 заключалась в том, что мутации промотора TERT, созданные вручную, которые ранее были аннотированы на уровне транскрипта (и с синтаксисом в стиле TERT c.-124C>T), были преобразованы в мутации COSN, идентифицированные только с геномными (g.*) деталями.

Мы признаем дополнительную ценность этих аннотаций уровня c.*, созданных вручную, и в настоящее время работаем над их повторным включением, но на данный момент дата выпуска неизвестна.

Чтобы поддерживать стандартизированный набор данных, мы продолжим показывать геномные аннотации VEP для всех мутаций, но теперь мы создали файл сопоставления, позволяющий связать геномные аннотации некодирующих вариантов (NCV) с CDS. синтаксисы. Новый файл сопоставления NCV_CDS_syntax_mapping.tsv, выпущенный в версии 9.7 можно ссылаться на загружаемые файлы CosmicNonCodingVariants.vcf.gz или CosmicNCV.tsv.gz, чтобы связать синтаксис CDS с идентификаторами LEGACY_ID или COSV.

Как правило, на веб-сайте мы фокусируемся на кодирующих мутациях, но некодирующие варианты отображаются в браузере генома, и их также можно просмотреть напрямую, выполнив поиск идентификатора COSN, например.
https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/search?q=COSN32285790

В v97 новый файл картирования содержит только мутации промотора TERT, но в будущем мы планируем включить картирование некодирующих мутаций для других генов. релизы.

Откуда берутся данные в COSMIC?

В COSMIC есть два типа данных: данные экспертного ручного курирования и систематические данные экрана. Полезно понимать различия этих типов данных и использовать их надлежащим образом.

Данные курирования экспертами

  1. Ввод вручную из рецензируемых публикаций кураторами-экспертами COSMIC
  2. Состоит из обширной литературной подборки выбранных генов переписи генов рака, представленных в данном выпуске, а затем обновленных в последующих выпусках
  3. Включает дополнительные точки данных, относящиеся к каждому заболеванию и публикации
  4. Предоставляет точные данные о частоте при указании отрицательных по мутациям образцов
  5. Также называется данными несистематического или целевого скрининга ред от публикации, сообщающие о данных крупномасштабного скрининга генома или импортированные из других баз данных, таких как TCGA и ICGC
  6. Обеспечивает беспристрастное молекулярное профилирование заболеваний при охвате всего генома
  7. Предоставляет объективные данные о частоте путем интерпретации немутантных генов в каждом геноме
  8. Облегчает поиск новых генов-драйверов при раке

Могу ли я загрузить полный набор данных COSMIC?

Да. Файлы, содержащие все данные для каждого типа вариантов (простые мутации, слияния генов, некодирующие, структурные, число копий, варианты экспрессии и метилирования), доступны для загрузки и обновляются для каждого выпуска COSMIC. Инструкции по загрузке и сведения обо всех доступных файлах можно найти на странице загрузки. CosmicMutantExport.tsv.gz содержит все образцы, проанализированные для каждого гена в COSMIC, в котором обнаружены мутации. Для скрининга целевых генов также существует файл CosmicCompleteTargetedScreensMutantExport.tsv.gz, содержащий как положительные, так и отрицательные данные.
Обратите внимание, , что вам необходимо зарегистрироваться и войти в систему, прежде чем вы сможете загружать данные.

Где я могу скачать все мутации из COSMIC?

Файл можно найти на странице загрузки. Он называется CosmicMutantExport.tsv.gz. Этот файл содержит все образцы, проанализированные для каждого гена, обнаруженного в COSMIC с мутациями.

Как найти последнюю версию COSMIC?

Домашняя страница COSMIC показывает номер версии и дату выпуска для текущего, самого последнего выпуска COSMIC. Дополнительную информацию о выпуске можно найти в разделах новостей и примечаний к выпуску, которые можно найти в меню «Новости» на каждой странице.

Какую версию эталонной последовательности человека использует COSMIC?

Версия по умолчанию — GRCh48/hg38, но ее можно изменить на GRCh47/hg19 в меню «Версия генома» на главной панели навигации в верхней части каждой страницы. Версия, выбранная в данный момент в меню, будет отмечена галочкой. Когда выбран GRCh47, в заголовке страницы отображается значок, указывающий на то, что используется «Архив GRCh47».

Как подсчитываются пробы в COSMIC?

Каждый образец имеет свое имя и идентификатор. Несколько экземпляров одного и того же имени образца могут существовать как отдельные записи, что указывает на то, что во время курирования было неясно, идентичны ли эти образцы, за исключением их имени. Чтобы учесть дублирование, возможно, идентичных образцов во время курирования, мы пытаемся объединить образцы с одинаковыми названиями и описаниями заболеваний. Дополнительные сведения см. в справочной документации.

Что означает «NS» в тканевой/гистологической классификации?

NS означает «не указано».

Могу ли я загрузить данные из старых версий COSMIC?

Да. Мы делаем файлы данных доступными для загрузки только для текущей версии и по крайней мере для трех предыдущих версий. Файлы текущей версии доступны на странице загрузки, но предыдущие версии можно загрузить программно или с помощью интерфейса командной строки. Инструкции см. в разделе «Полезные ссылки» в правом верхнем углу страницы загрузки или перейдите по следующим ссылкам —
Загрузка с помощью инструментов командной строки
Загрузка программно
Доступные файлы для загрузки

Я готовлю рукопись к публикации и включаю некоторые данные COSMIC. Как я должен цитировать COSMIC?

Мы очень рады, что вы используете данные, а также любые таблицы или графические снимки экрана, которые поддерживают вашу работу. Пожалуйста, укажите адрес веб-сайта (cancer. sanger.ac.uk) и статью COSMIC: Каталог соматических мутаций при раке Спасибо.

Как часто обновляется COSMIC?

COSMIC постоянно дополняет и уточняет содержимое базы данных, но для максимального использования ресурсов мы в настоящее время ограничиваем наши основные выпуски основных данных (версиями) до двух в год. Однако, поскольку COSMIC расширился за пределы основного набора данных, мы теперь перешли к непрерывному графику выпуска новых продуктов и обновлений программного обеспечения, а база данных Actionability обновляется регулярно и независимо от основных выпусков данных.

См. страницу новостей для получения обновлений о будущих выпусках или страницу примечаний к выпуску для получения подробной информации о содержании текущего и предыдущих выпусков.

В чем разница между данными о клеточных линиях в COSMIC и в Cell Line Project?

Основные наборы данных COSMIC и Cell Lines Project являются отдельными, и мы разделяем загружаемые файлы и веб-сайт на два отдельных набора данных.

Хотя и в COSMIC, и в The Cell Lines Project есть клеточные линии, данные о мутациях поступают из разных источников. В COSMIC данные получены из публикаций и загрузок всего генома, например. МКГК/ТКГА. Данные проекта Cell Lines Project полностью взяты из исследования секвенирования экзома, проведенного Институтом Сангера на 1015 линиях раковых клеток, описанных здесь. Мы не включаем это исследование экзома клеточной линии в основной набор данных COSMIC. Обратите внимание, что по сравнению с проектом Cell Lines в научной литературе было исследовано гораздо больше клеточных линий на наличие соматических мутаций, и они зарегистрированы в основном наборе данных COSMIC.

Что такое гены переписи и где обновленная версия переписи?

Перепись генов рака — это список генов, которые, как известно, связаны с раком. Они перечислены здесь.

Могу ли я отправить данные в COSMIC?

Все данные о мутациях в COSMIC в настоящее время вносятся нашими кураторами. Если вы хотите отправить данные для одной из ваших публикаций или даже для предварительной публикации, свяжитесь с нами по адресу cosmic@sanger. ac.uk, и один из наших кураторов будет рад помочь.

Как статьи выбираются из литературы?

Для выявления статей, сообщающих о соматических мутациях, в PubMed проводится широкий поиск статей, содержащих соответствующие данные о мутациях (пример поиска: ( ras ИЛИ гены, ras ) И человек И мутация ). Те статьи, которые из их рефератов идентифицируются как содержащие информацию о соматических мутациях, связанных с раком или предраковыми состояниями, затем отбираются для курирования. После изучения информации в полном тексте статьи извлекаются данные образца и мутации. Любые статьи, содержащие неполные данные (например, мутации, о которых сообщается, но не полностью описаны) или данные недостаточного качества (например, ошибки, выявленные в данных), не проходят полную проверку, а добавляются в список «дополнительных ссылок, содержащих информацию о соматических мутациях».

Как рассчитать частоту генных мутаций в нескольких вариантах транскриптов?

В настоящее время COSMIC использует модель «один к одному» для генов и транскриптов, поэтому подсчет частоты мутаций на веб-сайте рассчитывается для каждого транскрипта, а не для локусов генов. Поскольку каждая уникальная геномная мутация может быть аннотирована для нескольких различных вариантов сплайсинга одного и того же гена, сложение показателей распространенности вариантов сплайсинга вместе потенциально может добавить одну и ту же геномную мутацию более одного раза. Однако с v90 (сентябрь 2019 г.) мы начали однозначно идентифицировать варианты на уровне генома, используя идентификаторы COSV. Это означает, что с некоторыми базовыми навыками биоинформатики/анализа данных теперь можно рассчитать частоты, загрузив и проанализировав полные наборы данных. Уникальный список COSV для локуса можно извлечь из файла CosmicCodingMuts.vcf, а количество уникальных мутировавших образцов можно подсчитать с помощью списка COSV и файла CosmicMutantExport.tsv.gz. Также см. вопрос «Как рассчитать частоты мутаций» на этой странице.

В чем разница между переписными и классическими генами?

Ген переписи — это ген, который, как известно, участвует в развитии рака. Список этих генов используется для определения приоритетности курирования литературы для базы данных COSMIC. После того, как литература по гену переписи полностью собрана, он публикуется и иногда называется «классическим КОСМИЧЕСКИМ геном».

В полном тексте статьи изменений нет. Извлечены ли они из дополнительного материала?

Да. Мы используем дополнительные материалы для курирования, когда они содержат дополнительную информацию.

Каковы правила синтаксиса мутации в COSMIC?

Мутации аннотируются с использованием синтаксиса, полученного из рекомендаций по номенклатуре HGVS (см. http://varnomen.hgvs.org).

Как проверить гистологию или тип рака?

COSMIC может использовать альтернативную гистологическую терминологию, например, мелкоклеточная карцинома вместо нейроэндокринной карциномы (или, для некоторых локализаций, нейроэндокринная карцинома вместо мелкоклеточной карциномы). Более подробную информацию о нашей системе классификации можно найти по указанному ниже URL-адресу, а все переводы локализации опухоли и гистологии COSMIC доступны для просмотра в виде электронной таблицы Excel или текстового файла с вкладками в документах по классификации, которые можно найти здесь. Примечание: Вы также можете воспользоваться нашим поиском, чтобы найти подходящую классификацию болезней для альтернативных терминов.

Как определить соматический статус мутации?

  • Подтвержденный соматический: Вариант аллеля из образца опухоли отличается от аллелей зародышевой линии того же человека, который предоставил образец опухоли.
  • Ранее сообщалось: Информация об аллелях зародышевой линии не предоставлена ​​для образца опухоли того же человека, но было обнаружено, что тот же вариант является «подтвержденным соматическим» вариантом в паре образцов нормальной опухоли от другого пациента. Обратите внимание, что один и тот же вариант из нескольких образцов от одного и того же пациента всегда должен иметь одинаковый соматический статус, потому что все образцы имеют одни и те же аллели зародышевой линии у людей, которые не являются генетической мозаикой.
  • Вариант неизвестного происхождения: В источнике данных нет информации об аллелях зародышевой линии, которая помогла бы определить, является ли это вариантом зародышевой линии или соматическим.

Как обследовать рак толстой кишки?

COSMIC использует Толстый кишечник для этой локализации рака. Вы можете найти информацию о нашей системе классификации и загрузить все переводы локализации опухоли и гистологии COSMIC в виде электронной таблицы Excel или текстового файла с разделителями табуляции на странице документации по классификации.

Как обследовать опухоль?

COSMIC может использовать альтернативный сайт, например, толстая кишка или толстая кишка. Более подробную информацию о нашей системе классификации можно найти по указанному ниже URL-адресу, а все переводы локализации опухоли и гистологии COSMIC доступны для просмотра в виде электронной таблицы Excel или текстового файла с вкладками в документах по классификации, которые можно найти здесь.

Почему мой поиск возвращает меньше записей, чем ожидалось?

Убедитесь, что вы не включили фильтр (отображается на боковой панели) неожиданно, ограничивающий область гена, тип опухоли или локализацию и т. д. Некоторые гены будут отобраны как часть систематических скринингов, поэтому некоторые данные будут доступны в COSMIC, но не но были отобраны вручную, поэтому в них будет меньше данных, чем было опубликовано. Это может быть связано с тем, что они находятся в списке генов, ожидающих ручной проверки, или они не включены в перепись генов рака.

Где я могу найти информацию о возрасте пациента?

Если в документе указан точный возраст, он вводится и отображается в годах с точностью до 2 знаков после запятой на странице обзора образцов, например, COSS1735169. Менее точная информация о возрасте добавляется в качестве примечания и отображается на странице обзора образца, например, Age=Adult; Возраст=Ребенок; Возраст=Пожилой; Возраст = молодой взрослый; Возраст=более 65 лет; Возраст=Взрослый 20-60 лет. Пример см. в COSS1757821. Если в документе используется термин «педиатрический», он добавляется как примечание «Возраст = ребенок». В прошлом в некоторых статьях, сообщающих о детской или взрослой лейкемии, эта информация была включена в раздел примечаний к опухолям. Эта информация теперь включена в раздел «Индивидуальное примечание» «Возраст = ребенок» или «Возраст = взрослый», как описано выше.

Проверен ли весь ген?

Не обязательно. Иногда сканируют всю кодирующую последовательность и интрон-экзонные границы гена, но в других случаях анализируют только определенные экзоны, кодоны или конкретное изменение одного нуклеотида в 1 кодоне. Эта информация не отображается в COSMIC, но ее можно получить из исходной публикации, из которой были извлечены данные.

Как определить, какая часть гена подвергалась скринингу?

Иногда сканируют всю кодирующую последовательность и интрон-экзонные границы гена, но в других случаях анализируют только определенные экзоны, кодоны или конкретное изменение одного нуклеотида в 1 кодоне. Эта информация не отображается в COSMIC, но ее можно получить из исходной публикации, из которой были извлечены данные.

Мой ген полностью курируется в COSMIC? Как отбираются гены для ручной обработки в COSMIC?

По мере выявления в литературе новых генов рака они добавляются в список переписи генов рака. Ген, которого в настоящее время нет в классическом списке генов, курируемом вручную, может ожидать завершения процесса первоначального курирования, поэтому данные еще не будут опубликованы; ген, возможно, не был подтвержден как истинный ген рака в соответствии с нашими критериями отбора и ожидает дополнительных доказательств; в качестве альтернативы мы могли пропустить рассматриваемый ген. Мы приветствуем предложения по отсутствующим генам по адресу [email protected].

Почему я не могу найти определенную публикацию в COSMIC?

Публикации идентифицируются для ручного отбора генов из Классического списка генов с помощью еженедельного поиска в PubMed и PubCrawler. Если данные из конкретной публикации отсутствуют, возможно, они были упущены из этих поисков, или статья может ожидать рассмотрения, особенно в отношении некоторых из более старых хорошо известных генов рака. В качестве альтернативы публикация может быть записана в COSMIC, но только в качестве справочной, если, например, данные были неясными или не были представлены в формате, совместимом с системой ввода данных COSMIC. Мы приветствуем предложения относительно отсутствующих публикаций по адресу [email protected].

Включены ли в COSMIC данные о мутациях клеточных линий?

Клеточные линии включаются в COSMIC, если они прошли скрининг на наличие мутаций. Вы также можете проверить COSMIC Cell Line Project, где генетика и геномика большого количества раковых клеточных линий были систематически охарактеризованы.

Включены ли мутации, проанализированные с помощью иммуногистохимии, в COSMIC?

Мутации, проанализированные исключительно с помощью иммуногистохимии с использованием антител, специфичных для мутаций, в настоящее время не включены в COSMIC.

Почему COSMIC содержит данные о синдромах избыточного роста, поскольку на самом деле они не являются раком?

Соматические мутации, обнаруженные в тканях, связанных с синдромами избыточного роста, такими как синдромы Протея и Гвоздики, включены в COSMIC. Не все соматические мутации дают клеткам преимущество в росте, но мутации, идентифицированные в контексте этих синдромов, явно делают это. Включение этих мутаций в COSMIC поможет нам лучше определить и понять рак.

Что означает предполагаемая точка останова?

Это геномная контрольная точка для слияния генов. Для многих слияний об этом подробно не сообщается, поэтому необходимо сделать вывод о положении на основе зарегистрированных транскриптов мРНК в данном образце. Для этого предполагается, что точка разрыва каждого образца находится между наиболее выраженным 3′-экзоном 5′-гена и наиболее 5′-экзоном 3′-гена из мРНК, зарегистрированных в этом образце. Однако, если положение геномной точки останова указано подробно для образца, то оно вводится как Предполагаемая точка останова.

Что означает наблюдаемый транскрипт мРНК?

Многие работы определяют слияния между генами с использованием технологий экспрессии, таких как ОТ-ПЦР. В ряде этих исследований было идентифицировано более одного транскрипта на образец, а некоторые обнаружили более четырех различных продуктов между одной и той же парой генов в одной опухоли. Это подразумевает значительный альтернативный сплайсинг мРНК, экспрессируемых из слитой пары генов. Эти альтернативные транскрипты вводятся как наблюдаемые транскрипты мРНК.

Что такое связанные точки останова?

Это либо все предполагаемые точки разрыва для выбранной мутации транскрипта мРНК, либо все наблюдаемые транскрипты мРНК для выбранной предполагаемой мутации точки разрыва.

Что такое название транслокации?

Это формат синтаксиса, описывающий присутствующие части мРНК (в формате HGVS «r.») из каждого гена в слиянии.

Как перевернутая последовательность аннотируется при слиянии?

Буква «o» перед названием гена используется для обозначения перевернутой последовательности, т.е. ФУС{NM_004960.2}:r.1_597_oCREB3L2{NM_194071.2}:r.979-18_991_CREB3L2{NM_194071.2}:r.1049_7455

Почему я не могу найти информацию в COSMIC по конкретной паре слитых генов?

Продолжается сбор данных о синтезах, и список синтезов, курируемых в настоящее время в COSMIC, можно найти здесь. Иногда для аннотирования слияния необходимо использовать альтернативный транскрипт, поэтому может потребоваться поиск гена во всех транскриптах, чтобы найти какой-либо куратор для слияний, например. НОТЧ2 и НОТЧ2_ENST00000277541.

Как рассчитать частоту появления мутантов?

Это возможно, но вам потребуются некоторые базовые навыки биоинформатики/анализа данных и следующие загружаемые файлы: CosmicSample.tsv.gz

Файл 1 , Перечисляет образцы с мутациями (положительные) и образцы без мутаций (отрицательные) из целевых скринингов. Вы можете рассчитать частоты мутаций (%) для генов следующим образом:

Положительные результаты ÷ (Положительные результаты + Отрицательные результаты) x 100

Однако данные полногеномного скрининга не включены.

Файл 2. Перечисляет образцы с мутациями (положительные) из скрининга всего генома, но образцы без мутаций (отрицательные) не включены. Количество образцов, проанализированных с помощью скрининга всего генома, можно извлечь из файла 3. путем выбора строк, в которых столбец «скрининг всего генома» равен «y». Частоты можно рассчитать следующим образом —

Положительные результаты в файле 2 ÷ Образцы скрининга всего генома в файле 3 x 100

Для всего набора данных (целевые и полногеномные скрининги) рассчитайте частоты следующим образом:

(положительные результаты в файле 1 + положительные результаты в файле 2) ÷ (негативы в файле 1 + позитивы в файле 1 + образцы скрининга всего генома в файле 3) x 100

гистологическая классификация. Пожалуйста, обратитесь к разделу справки по подсчету образцов для описания того, как мы подсчитываем образцы в COSMIC, а также к разделу «Частота мутаций» на той же странице.

Что означает термин «Скрининг всего генома»?

Мы используем термин «Скрининг всего генома» для описания любого исследования, в котором исследуются все гены в геноме, в отличие от «Целевого скрининга», в котором исследуется меньшее подмножество генов. Этот термин не делает различий между секвенированием всего генома и секвенированием всего экзома.

Как мутации сопоставляются с последовательностями генов?

Мы пытаемся сопоставить каждую мутацию с одной версией гена, но там, где это невозможно, мы сопоставляем с альтернативным транскриптом. Последовательности генов хранятся в COSMIC и доступны в разделе загрузки.

Какой метод обнаружения мутаций использовался?

Методы скрининга мутаций различаются по своей чувствительности, и чувствительность конкретного метода может варьироваться от лаборатории к лаборатории. Некоторые методы идентифицируют все классы малых внутригенных мутаций (замены оснований и небольшие вставки/делеции). Однако тест усечения белка не обнаружит мутации, вызывающие миссенс-аминокислотные замены.

Был ли проверен весь ген?

Некоторые гены характеризуются очагами мутаций, например BRAF, RAS и TP53. Эти гены часто проверяют на наличие соматических мутаций только в области, которая, скорее всего, содержит мутации. Эта стратегия, очевидно, упустит мутации, расположенные в другом месте гена, и, следовательно, даст искаженное представление о распределении мутаций в гене и, возможно, недооценит частоту мутаций.

Проверялся ли образец ранее?

Существуют примеры, когда одни и те же данные сообщаются дважды, возможно, в последующем исследовании со ссылкой на дополнительные данные или в качестве положительного контроля, например, с использованием клеточных линий с известными мутациями. Там, где это было возможно, мы отметили названия образцов, а в документах убрали все лишнее. Однако между статьями невозможно подтвердить, что два образца с одинаковым названием действительно являются одним и тем же образцом. Поэтому мы включили оба образца и оба результата в COSMIC. Если вы хотите просмотреть эту информацию, название образца, мутация и ссылка на документ отображаются в представлении «Сведения о мутации».

Все ли мутации настоящие?

Для многих предполагаемых соматических мутаций, о которых сообщалось в опубликованной литературе, отсутствуют убедительные доказательства того, что они являются соматически приобретенными (путем демонстрации их отсутствия в нормальной ДНК того же человека, что и опухоль). Следовательно, случайные варианты зародышевой линии могли быть непреднамеренно представлены в публикациях как соматические мутации и внесены в базу данных. Кроме того, простые лабораторные ошибки, которые приводят к тому, что неправильный образец нормальной ДНК (то есть от другого человека) анализируется в качестве контроля для конкретного образца опухоли, могут предоставить явно убедительные, но вводящие в заблуждение доказательства соматического происхождения. Наконец, методы амплификации ДНК имеют внутреннюю частоту ошибок, и эти ошибки впоследствии могут быть интерпретированы как соматические мутации. Есть некоторые свидетельства того, что это может быть особой проблемой при анализе архивных материалов, фиксированных формалином и залитых парафином.

Соматическое геномное тестирование ASCO у пациентов с метастатическим или прогрессирующим раком. Краткое изложение руководства

Диагностика

  1. Предварительные клинические заключения (ПКМ)
    1. Раздел 1: Секвенирование генома на основе мультигенных панелей с одобренными маркерами для конкретных заболеваний
    2. Раздел 2: Оценка статуса dMMR и/или MSI-H и TMB
    3. Раздел 3: Тестирование на слияние генов и варианты с пропуском экзона
    4. Раздел 4: Заболевания без утвержденных специфических для заболевания маркеров
    5. Раздел 5: Элементы, которые следует учитывать при рассмотрении результатов геномного тестирования

Цифры